要はgit fetch –pruneをSourceTreeからやる方法。
・SourceTreeのリポジトリウィンドウ＞ツールバー＞フェッチ　をクリックする
・「リモートで削除された追跡ブランチは取り除く」をチェックしてOKをクリックする

（出典：http://anton0825.hatenablog.com/entry/20140206/1391658206）

 

コマンドで消す場合

http://qiita.com/nantekkotai/items/0ca7c9e850eff65aaf66